در طی مدت جوجه کشی تخم مرغ در محیط گرم دستگاه جوجه کشی مقدار زیادی از رطوبت خود را از دست می دهد. اگر جبران این رطوبت از دست رفته نشود سبب تلفات در جنین می گردد. افزایش و یا کاهش رطوبت هر دو در نتیجه جوجه کشی اثر می گذارد و ان را کاهش می دهد.

با پیشرفت جوجه کشی اطاقک هوایی وسعت بیشتری می یابد در روز 19 وسعت اطاقک بسیار زیاد می شود و نوک جنین در آن قرار می گیرد و بدین وسیله عمل تنفس صورت می گیرد.

اگر تبخیر تخم مرغ زیاد تر از حد معمول باشد نوک جنین زودتر از روز 19 به اطاقک هوایی می رسد بالعکس اگر تبخیر کم باشد در روز 19 نوک جنین به اطاقک هوایی نمی رسد و جنین قادر به تنفس نیست، در هر دو صورت ممکن است به زندگی جنین لطمه وارد آید.

در طی مدت جوجه کشی تقریباً در حدود 12 درصد از وزن تخم مرغ در اثر تبخیر کاهش می یابد. طبق آزمایشی که در ایستگاه تحقیقاتی ورجینیا آمریکا در روش جوجه کشی طبیعی انجام گرفته نشان داده شده است که در 5 روز اول 17/4 درصد در شش روز بعد 35/6 درصد و شش روز بعدی 98/6 درصد و به طور مجموع 5/17 درصد از وزن تخم مرغ در اثر تبخیر در مدت جوجه کشی کاهش یافته است.

در داخل دستگاه جوجه کشی مقدار تبخیر تخم مرغ بستگی به رطوبت محیط اطراف تخم مرغ دارد.

مقدار رطوبت داخل ماشین اغلب بستگی به مقدار حرارت داخلی دارد. طبق محاسبه ای که در آمریکا صورت گرفته است. در حرارت 5/21 درجه سانتی گراد میزان رطوبت ماشین 135/1 پوند بخار آب در 100 پای مکعب بوده است. در صورتی که درجه حرارت حدود 38 درجه برسد این مقدار رطوبت به 8/2 می رسد.

هوایی که در حرارت 38 درجه سانتی گراد 71/1 پوند بخار آب در 100 پای مکعب داشته باشد نسبت رطوبت آن 60 درصد است و چنین رطوبتی برای جوجه کشی مناسب است.

مقدار رطوبت ماشین را می توان با رطوبت سنج کنترل نمود. رطوبت نسبی عبارت است از درجه رطوبتی که نسبت به رطوبت اشباع در هوا وجود دارد.

می دانیم هوا رطوبت را به خود می گیرد. وقتی که در هوا رطوبت خیلی زیاد باشد به حد اشباع می رسد و تبدیل به آب می شود در این صورت رطوبت به 100 درصد رسیده و یا به عبارت دیگر هوا از نظر رطوبت اشباع می شود. رطوبت 60تا 70 درصد عبارت است از 60 تا 70 درصد رطوبت اشباع.

درجه رطوبت هوا بستگی به درجه حرارت دارد. معمولاً در حرارت بالا هوا رطوبت بیشتری به خود می گیرد.

طبق تحقیقاتی که در دانشگاه کورنل آمریکا صورت گرفته است بهترین درجه رطوبت برای جوجه کشی رطوبت 60 درصد است.

رطوبت در دستگاه های جوجه کشی به چگونگی تهویه بستگی دارد. تهویه زیاد سبب کم شدن رطوبت می گردد.

سرعت و کندی رشد جنین تحت تاثیر شدید مقدار رطوبت است رطوبت زیاد سبب می شود که جنین 24 ساعت زودتر از حد معمول از تخم مرغ خارج شود. جوجه هایی که در تحت شرایط رطوبتی بالاتر و یا پایین تر از حد مورد لزوم در آمده اند اغلب کوچکتر از اندازه معمولی هستند.

در ماشین های جوجه کشی ساده با ریختن آب در طشتک های کف ماشین رطوبت لازم تامین می شود. در ماشین های بزرگ این امر به طور خودکار انجام می گیرد. چنانچه حرارت بتوان در حد لازم نگاه داشت و تهویه را کنترل نمود رطوبت در تمام مدت 21 روز جوجه کشی ثابت خواهد ماند.

رطوبت از نظر بهداشتی نیز مهم است زیرا یک عامل بسیار مهم از نظر کنترل بیماری پولوروم است.

اگر در طی مرحله جوجه کشی رطوبت ماشین بالا باشد از سرعت انتشار این بیماری جلوگیری می شود. همچنین وقتی که رطوبت ماشین بالا باشد ضد عفونی کردن ماشین به وسیله بخار فرمل بهتر صورت می گیرد. میزان رطوبت در روز های اول و روز های آخر جوجه کشی یکسان نیست.

معمولاً در 17 روز اول رطوبت 60 درصد کافی است ولی در روز های آخر باید رطوبت را افزایش داد و به 70 درصد رساند. در ماشین های بزرگ که هچر و انکوباتور از هم جدا هستند این افزایش رطوبت به خودب خود انجام می گیرد ولی در ماشین های کوچک و ساده که فاقد هچر هستند می توان در روزهای آخر به وسیله پاشیدن آبجوش و تولید بخار اضافی میزان رطوبت را بالا برد.

علاوه بر رطوبت سنج به وسیله اندازه گیری اطاقک هوایی و میزان کاهش وزن تخم مرغ می توان رطوبت ماشین جوجه کشی را کنترل کرد.

طبق آزمایشات دکتر بووه انشیتاین در اسرائیل اگر در حرارت و رطوبت ماشین کاملاً مناسب باشد عمق اطاقک هوایی در سه روز اول 2-5 میلیمتر در روز هشتم 5-6 میلیمتر و در روز پانزدهم 9-13 میلیمتر و در روز 18 بیشتر از 13 میلیمتر باید باشد. از نظر وزن در شرایط مناسب تخم مرغ به طور متوسط در هر هفته در حدود 4-5 درصد وزن خود را از دست می دهد.

اگر کاهش وزن و یا وسعت اطاقک هوایی بیشتر و یا کمتر از مقدار ذکر شده باشد دلیل این است که ماشین از نظر رطوبت در وضعیت مناسبی نبوده است.